Ideal, exsudatul faringian se recolteaza dimineata inainte de a consuma alimente sau lichide (acestea sterg agentii patogeni existenti pe suprafata amigdalelor si/sau mucoasei faringiene). Este important sa evitam spalarea dintilor deoarece majoritatea pastelor de dinti contin substante antibacteriene care distrug flora microbiana faringiana denaturand rezultatul exsudatului faringian (care in aceste conditii nu va semnala prezenta agentilor patogeni). Daca aceste conditii nu pot fi respectate putem totusi efectua recoltarea exsudatului faringian la 3-4 ore de la ultima masa sau de la ultimul periaj dentar.